Al grano:

#!/bin/bash
EXTENSIONES="$@"
ficheros_total=0
lineas_total=0
vacias_total=0
novacias_total=0
for ext in $EXTENSIONES ; do
   echo EXTENSION $ext
   ficheros=`find . -name "*.$ext" | wc -l`
   lineas=`find . -name "*.$ext" | xargs cat | wc -l`
   novacias=`find . -name "*.$ext" | xargs cat | awk 'BEGIN { lineas = 0 } { if ($0 != "") lineas++} END { print lineas }'`
   vacias=`find . -name "*.$ext" | xargs cat | awk 'BEGIN { lineas = 0 } { if ($0 == "") lineas++} END { print lineas }'`
   porcentaje=`echo $vacias $lineas | awk '{ print $1 / $2 * 100 }'`
   echo Tiene $ficheros ficheros de tipo $ext y $lineas lineas, de las cuales $novacias tienen contenido y $vacias son vacias \(un $porcentaje %\)
   ficheros_total=`expr $ficheros_total + $ficheros`
   lineas_total=`expr $lineas_total + $lineas`
   vacias_total=`expr $vacias_total + $vacias`
   novacias_total=`expr $novacias_total + $novacias`
done
if [[ $# -gt 1 ]] ; then
   porcentaje_total=`echo $vacias_total $lineas_total | awk '{ print $1 / $2 * 100 }'`
   echo TOTAL
   echo Tiene $ficheros_total ficheros en total, con $lineas_total lineas, de las cuales $novacias_total tienen contenido y $vacias_total son vacias \(un $porcentaje_total %\)
fi

Ejemplo de uso (guardandolo en un fichero cuenta_lineas.sh accesible por el path y con los permisos adecuados):

$ cd directorio_raiz_del_proyecto/ ; ./cuenta_lineas.sh java jsp xml
EXTENSION java
Tiene 388 ficheros de tipo java y 60035 lineas, de las cuales 47806 tienen contenido y 12230 son vacias (un 20.3714 %)
EXTENSION jsp
Tiene 792 ficheros de tipo jsp y 91354 lineas, de las cuales 75267 tienen contenido y 16088 son vacias (un 17.6106 %)
EXTENSION xml
Tiene 170 ficheros de tipo xml y 32282 lineas, de las cuales 30437 tienen contenido y 1846 son vacias (un 5.71836 %)
TOTAL
Tiene 1350 ficheros en total, con 183671 lineas, de las cuales 153510 tienen contenido y 30164 son vacias (un 16.4228 %)

Mola aunque es mejorable sacando porcentajes (ver abajo ), pero no he encontrado un mandato tipo expr que trabaje con floats (a ver si algún comentarista me da el tip )

EDITO: Ya se me ha ocurrido cómo hacer los porcentajes mientras contestaba actualizado el código y la salida del mismo

EDITO de nuevo: Si queréis añadir más filtros a las lineas vacías, tal y como sugiere Kortatu (que yo ya he barajado), tendréis que cambiar la línea

novacias=`find . -name "*.$ext" | xargs cat | awk 'BEGIN { lineas = 0 } { if ($0 != "") lineas++} END { print lineas }'`

por

novacias=`find . -name "*.$ext" | xargs cat | grep -v '^$' | grep -v '^\s*\}\s*$'  | grep -v '^\s*\*.**$' | grep -v '^\s*/\*\*.*$' | grep -v '^\s.//.*$'

Útil para código de la familia Java :D. ¡Gracias!