Si, ya sé que algunas herramientas como ant hacen este tipo de tareas más fácilmente.

Pero para algún proyecto pequeño y gestionado por completo desde Eclipse o algún otro IDE o para algún script o similar, puede venir bien hacer esta tarea desde la terminal. El problema es que muchas veces tenemos las clases mezcadas con los ficheros fuentes y otros (por ejemplo, los directorios de control del subversion), y separarlas puede ser un poco tedioso. Aquí va un mandato que hace la magia:

jar cvf nombre-de-fichero.jar `find . -name '*.class' | awk 'BEGIN{todo=""}{todo = todo " " $0}END{ print todo}'`

Por cierto, que para matar dos pájaros de un tiro tenemos otro ejemplo para el fantabuloso tutorial de AWK 😀 …

Edito: gracias a YoNoSoyTu, actualizo el truco a uno más sencillo y mucho menos vacilón 😐

jar cvf nombre-de-fichero.jar `find . -name '*.class'`